L’Akatsuki se réveille et continue ses manœuvres dans l’ombre. Celui qui se considère comme héritier des Uchiwa, Itachi, y a prit le pouvoir. Il rallie les membres de cette organisation à sa cause, et se prépare a partir de nouveau en guerre. De l’autre côté, les villages consolident leurs défenses. Konoha, repris en main par Tsunade, renaît peu à peu de ses cendres et se prépare à mener cette guerre capitale pour chacun d’entre nous. Suna, le village caché du sable, connaît un nouvel essor. Repris en main depuis peu par Ryosuke Takahashi, puissant sabreur, ce village caché connaît une véritable expansion. Les ninjas y sont puissants, et la formation d’unités spéciales, crées par le Kage, est une menace sérieuse pour les ennemis de Suna, et un puissant allié pour ses amis. Kiri prend peu à peu de l’ampleur, et ses troupes s’élèvent dans l’ombre. Mais parmi toutes ces machinations naissent de nouveaux états. Les villages cachés d’Oto, Ame, Iwa et Kumo se lèvent, prêts à faire la guerre eux aussi. Serez-vous de la partie ? Rejoindrez-vous les criminels de l’Akatsuki, accepterez vous de prendre part à leurs sombres agissements ? Ou allierez-vous aux villages cachés, pour poursuivre leur objectif ? Quelque soit votre décision, vous pourrez changer le destin du monde Shinobi, et votre aventure commence maintenant !